Kyselina 3-indoleactová je druh rostlinného auxinu. Auxin má mnoho fyziologických účinků, které souvisejí s jeho koncentrací. Nízká koncentrace může podporovat růst a vysoká koncentrace bude bránit růstu, dokonce zabíjet rostliny. Tento inhibiční účinek souvisí s tím, zda může vyvolat tvorbu ethylenu. Fyziologické účinky auxinu se projevují na dvou úrovních. Na buněčné úrovni může auxin stimulovat dělení buněk kambia; stimulují prodloužení větví a inhibují růst kořenových buněk; podporovat diferenciaci xylemových a floemových buněk, podporovat kořeny řízků a regulovat morfologii kalusu. Na úrovni orgánů a celých rostlin pracuje auxin od sazenic po zrání plodů. Auxin řídí reverzibilní inhibici červeného světla prodloužení hypokotylu u sazenic; když se přenáší na spodní stranu výhonků, produkuje větvový geotropismus; při přenosu na protisvětlo výhonků vytváří fototropismus větve; Kyselina 3-indoleactová způsobuje apikální výhodu a zpomaluje stárnutí listů. Auxin podporuje kvetení, vyvolává partenokarpický vývoj ovoce a zpomaluje zralost ovoce.